Ubuntu 16.04です。
まず、.htpasswdを作成します。.htpasswdは、ユーザ名とパスワードを記録するファイルです。
$ sudo htpasswd -b -m -c .htpasswd username password
これで、カレントディレクトリに .htpasswd が作成されます。上記の username と password は、任意のユーザ名とパスワードを指定してください。
このファイルを/var/www/htmlに置くとします。
次に、Apacheの設定ファイルを編集します。apt-getでインストールしたなら、Apacheの設定ファイルは /etc/apache2/apache2.conf だと思います。
<Directory "/var/www/html/"> AuthType Basic AuthName "Enter username and password" AuthUserFile /var/www/html/.htpasswd Require user username </Directory>
このように、認証の種類(Basic)、認証時のダイアログに表示する文章、.htpasswdへのパス、認証するユーザ名を指定します。
Authには、さきほど作成した.htpasswdへのパスを指定しましょう。また、Require userには、.htpasswdファイル作成時に指定したユーザ名を指定しましょう。
これでApacheを再起動して、ブラウザから/var/www/htmlディレクトリにアクセスすると(厳密には、ブラウザから、/var/www/htmlディレクトリにマップされているURLにアクセスすると)、認証ダイアログが表示されます。
Apacheの再起動は以下です。
$ sudo service apache2 restart